La collezione archeologica riunisce i reperti pervenuti a Firenze dalle campagne di scavo condotte dall'Istituto in Egitto tra il 1964 e il 1968. Questo materiale è stato conservato per oltre un trentennio in un magazzino del Museo Archeologico di Firenze, finché non sono stati disponibili all'interno dell'Istituto spazi e risorse per il riordinamento, la catalogazione, il restauro di tutti gli oggetti e infine per l’allestimento di un percorso espositivo.

La mostra permanente è articolata in due sezioni. La prima è dedicata alla campagna di scavo del 1964/1965 ad Arsinoe, capoluogo del nomos Arsinoites, l’attuale Faiyûm. Dall’area dei Kîmân Fares, dove furono rinvenuti resti di uno stabilimento termale privato, provengono vasellame da cucina e da mensa, unguentari, lucerne, statuine di divinità, manici d’anfora con timbri, anfore destinate alla conservazione di vino e cereali, nonché contenitori litici.

La seconda sezione ha per oggetto Antinoupolis, brevemente detta Antinoe, città del Medio Egitto fondata dall'imperatore Adriano nel 130 d.C. in onore e memoria del suo favorito Antinoo, morto annegato nel Nilo. Gli scavi del 1965, 1966 e 1968 nella Necropoli Nord hanno restituito un'ampia varietà di oggetti: lucerne, ciotole, piatti e vassoi in terracotta sigillata, ceramica da cucina e da mensa (acroma e dipinta), anfore vinarie e tappi d’anfora, reperti in legno, metallo, vetro e cuoio.